[Python] Numpy

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[Python] Numpy

Messagepar OG » Lundi 21 Décembre 2009, 23:47

Bonsoir

Je ne sais pas si cela intéresse nos amis de MathemaTeX.

Comme j'ai commencé à rédiger une introduction à Numpy(/Scipy)/Matplotlib autant en faire profiter à toutes et tous. Je ne suis pas un habitué des produits finis, il y a certainement des fautes d'orthographe et en plus je ne suis pas sûr de retoucher ce document d'ici la rentrée 2010 ! (bref cela donne envie)

version html
http://math.mad.free.fr/depot/numpy/essai.html

version pdf
http://math.mad.free.fr/wordpress/wp-co ... onumpy.pdf

C'est fait en Sphinx. Commentaires/critiques/etc acceptés.

O.G.
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Re: [Python] Numpy

Messagepar nirosis » Mardi 22 Décembre 2009, 09:08

C'est pas mal ça. Déjà un bon début.

L'installation sous windows est aussi triviale (juste quelques exécutables à lancer).
J'ai juste survolé sinon, mais le lien html ne semble pas marcher.
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Re: [Python] Numpy

Messagepar OG » Mardi 22 Décembre 2009, 09:56

Merci pour le lien. J'avais mis tout sur free.fr et au moment d'écrire ce fil, pris de remords j'ai fait une correction orthographique avec ispell sous Emacs (vraiment rapidement) d'où le lien non renommé.

Le lien fonctionne maintenant !
bonnes fêtes de fin d'année à toutes et à tous.

O.G.
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Re: [Python] Numpy

Messagepar projetmbc » Mardi 22 Décembre 2009, 11:31

Serait-il possible d'avoir le dossier avec tous les fichiers HTML pour un usage local hors connexion ?
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Re: [Python] Numpy

Messagepar projetmbc » Mardi 22 Décembre 2009, 12:25

En regardant les suggestions suivantes http://www.scipy.org/Topical_Software , je suis tombé sur ceci : http://code.google.com/p/numexpr/ .

Si les tests sont concluant, il pourrait être utile d'ajouter une section sur ce package , si ce n'est pas déjà fait, car l'utilisation de numpy reste une chose très technique. Pour optimiser les temps de calcul, il faut les "vectoriser". J'avais lu un article là-dessus qui montrait que mal utilisé, numpy peut devenir très peu performant.

Tant que j'y suis, une section sur mtplotlib3D ne serait pas superflue.

Qu'en penses-tu ?
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Re: [Python] Numpy

Messagepar OG » Mardi 22 Décembre 2009, 14:38

Re

@projetmbc : Je peux t'envoyer un tgz si tu veux ou alors tu peux faire un chti wget -avec-les-options-qu'ils-faut.

Quelques détails, j'ai des étudiants qui sortent de médecine (ont échoué, après sélection) pour une filière ingénierie-bio-médical (ibiom) qui n'ont jamais fait d'informatique. Comme ils suivent un cours d'algorithmique avec Python comme langage pratique, plutôt que de faire du Scilab j'ai tenté cette année le Python + Numpy. Le but ultime est de faire quelques simulations du côté de l'algèbre linéaire (nbre d'opérations, conditionnement, précision et critique des résultats). Personnellement je n'y connais pas grand chose en Python, le tout est d'avoir l'équivalent pour les choses de bases que je sais/savais faire en Scilab (uniquement pour l'enseignement, les trucs de base en calcul scientifique comme ce qui est demandé à l'épreuve de modélisation à l'agreg).

J'aimerais au moins faire l'équivalent du document pour Scilab écrit par B. Ycart (bien démarrer en Scilab), donc oui matplotlib3D serait bien à ajouter.
Si tu as un lien pour l'article en question sur le côté catastrophique des boucles en Numpy, je veux bien aussi. J'ai lu quelques trucs sur "comment vectoriser vos propres fonctions", j'irai consulter numexpr.

Pour mon second semestre j'ai des choses (plus importantes) à faire. Si tu veux participer, pas de problème non plus. J'ai juste du modifier sampledoc (Matplotlib) ; il y avait un pb avec les chemins pour les images... Mes étudiants ont dit :<<sympa votre document mais il faut déja connaître Python et les matrices...>>

O.G.
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Re: [Python] Numpy

Messagepar projetmbc » Mardi 22 Décembre 2009, 15:30

OG a écrit:Je peux t'envoyer un tgz si tu veux

Pourquoi pas.

OG a écrit:Je peux t'envoyer un tgz si tu veux ou alors tu peux faire un chti wget -avec-les-options-qu'ils-faut.

N'étant pas originaire du Nord, je ne sais pas ce qu'est un un chti wget -avec-les-options-qu'ils-faut. :mrgreen: Encore une ligne de commande mystique...

OG a écrit:Si tu as un lien pour l'article en question sur le côté catastrophique des boucles en Numpy, je veux bien aussi.

J'avais lu cela dans un magazine papier. On ne se moque pas... Oui il y a encore des personnes qui lisent sur du papier.

OG a écrit:J'ai lu quelques trucs sur "comment vectoriser vos propres fonctions"

Cela m'intéresserait beaucoup. Si tu as des références...

OG a écrit:j'irai consulter numexpr.

Tiens moi au courant.

OG a écrit:Si tu veux participer, pas de problème non plus.

Cela aurait été avec plaisir mais je suis actuellement sur un projet perso. en Python qui me prend le peu de temps libre que j'ai. Par contre, pour les questions, ou simplement pour une lecture de documents, n'hésites surtout pas.
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Re: [Python] Numpy

Messagepar OG » Mardi 22 Décembre 2009, 15:41

projetmbc a écrit:N'étant pas originaire du Nord, je ne sais pas ce qu'est un un chti wget -avec-les-options-qu'ils-faut. :mrgreen: Encore une ligne de commande mystique...

moi non plus, je suis de Normandie mais j'ai gouté la Chti.

projetmbc a écrit:J'avais lu cela dans un magazine papier. On ne se moque pas... Oui il y a encore des personnes qui lisent sur du papier.

un Linux {Magazine, Pratique} par hasard ?

projetmbc a écrit:Cela m'intéresserait beaucoup. Si tu as des références...

là (mais de mémoire non)
http://wwwx.cs.unc.edu/~gb/Comp116/wp-c ... dScipy.pdf
plus surement il y a deux livres d'un même auteur H.P Langtanpen
Python scripting for computational science
A primer on Scientific Programming with Python
ou alors en naviguant sur le site de Numpy/Scipy ?

Pour le tgz je le mettrai plus tard directement sur ma page et pour les relectures
je te remercie par avance.

O.G.
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Re: [Python] Numpy

Messagepar Arnaud » Mardi 22 Décembre 2009, 23:15

Merci, je trouve cela intéressant, avec des exemples limpides.
Petite faute de frappe p 10 dans les booléens, "a != bb" ( j'ai pas tout lu encore, j'avoue, mais ça devrait venir ).
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Re: [Python] Numpy

Messagepar projetmbc » Mercredi 23 Décembre 2009, 10:51

OG a écrit:
projetmbc a écrit:J'avais lu cela dans un magazine papier. On ne se moque pas... Oui il y a encore des personnes qui lisent sur du papier.

un Linux {Magazine, Pratique} par hasard ?

De mémoire je dirais oui. Là je ne l'ai pas sous la main.

OG a écrit:
projetmbc a écrit:Cela m'intéresserait beaucoup. Si tu as des références...

là (mais de mémoire non)
http://wwwx.cs.unc.edu/~gb/Comp116/wp-c ... dScipy.pdf
plus surement il y a deux livres d'un même auteur H.P Langtanpen
Python scripting for computational science
A primer on Scientific Programming with Python
ou alors en naviguant sur le site de Numpy/Scipy ?

Merci pour ces infos.
projetmbc
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Re: [Python] Numpy

Messagepar Arnaud » Mercredi 23 Décembre 2009, 11:36

projetmbc a écrit:
OG a écrit:
projetmbc a écrit:J'avais lu cela dans un magazine papier. On ne se moque pas... Oui il y a encore des personnes qui lisent sur du papier.

un Linux {Magazine, Pratique} par hasard ?

De mémoire je dirais oui. Là je ne l'ai pas sous la main.


Linux Magazine ( Admin + blabla ) Hors-série n° 40, janvier/février 2009 sur python, p 27.
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Re: [Python] Numpy

Messagepar OG » Mercredi 23 Décembre 2009, 14:28

Bonjour

Un tar.gz (pour celles et ceux qui ne connaissent pas les commandes mystiques) est disponible
http://math.mad.free.fr/depot/numpy/numpyhtml.tar.gz

Pour le Linux Magazine je suppose que c'est cet article
http://gael-varoquaux.info/blog/?p=109
disponible pour tous.
(je ne l'ai pas encore lu)

Merci à Arnaud pour sa lecture.
Bref je vais devoir continuer.

O.G.
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Re: [Python] Numpy

Messagepar Arnaud » Mercredi 23 Décembre 2009, 15:18

OG a écrit:
Un tar.gz (pour celles et ceux qui ne connaissent pas les commandes mystiques) est disponible
http://math.mad.free.fr/depot/numpy/numpyhtml.tar.gz


Un wget récursif ?

OG a écrit:Pour le Linux Magazine je suppose que c'est cet article
http://gael-varoquaux.info/blog/?p=109
disponible pour tous.


Exact.
Arnaud

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Re: [Python] Numpy

Messagepar projetmbc » Mercredi 23 Décembre 2009, 15:23

OG a écrit:Un tar.gz (pour celles et ceux qui ne connaissent pas les commandes mystiques) est disponible

Je n'ai rien contre une petite expérience chamanique qui m'initierait à une nouvelle invocation en console. :mrgreen:
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Re: [Python] Numpy

Messagepar François D. » Mercredi 23 Décembre 2009, 15:57

Ça pourrait ressembler à ça :
Code: Tout sélectionner
wget -krc http://math.mad.free.fr/depot/numpy/essai.html
François D.
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Re: [Python] Numpy

Messagepar projetmbc » Jeudi 24 Décembre 2009, 15:04

Toujours aussi mystique... Merci. :thumbsup:

Su=inon pour le document qui est le sujet de ce post, j'ai lu :
Ainsi toute commande spécificique de Numpy devient np.X. Il n’est pas recommandé de charger entièrement Numpy par la commande

Il faudrait mieux écrire celka comme suit :
Ainsi toute commande spécificique de Numpy devient np.X. Il est vivement déconseillé de charger entièrement Numpy par la commande

En indiquant que l'on évite ainsi les conflits de noms communs entre deux modules, ou entre un module et les fonctions par défaut de Python. Qu'en penses-tu ?
projetmbc
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Re: [Python] Numpy

Messagepar OG » Jeudi 24 Décembre 2009, 15:12

Re

N'oubliez pas que je suis en vacances et qu'à force je vais être obligé de compléter ce document !

projetmbc a écrit:Il faudrait mieux écrire celka comme suit :

Ainsi toute commande spécificique de Numpy devient np.X. Il est vivement déconseillé de charger entièrement Numpy par la commande


En indiquant que l'on évite ainsi les conflits de noms communs entre deux modules, ou entre un module et les fonctions par défaut de Python. Qu'en penses-tu ?

Ok, pas de pb. D'ailleurs qui connaît pylab, qui a l'air d'être équivalent aux chargements de Numpy/Scipy/Matplotlib
mais sans faire np.X, etc et qui évite certains conflits ?

encore merci

O.G.
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Re: [Python] Numpy

Messagepar projetmbc » Jeudi 24 Décembre 2009, 15:37

OG a écrit:N'oubliez pas que je suis en vacances et qu'à force je vais être obligé de compléter ce document !

Moi aussi mais le mauvais temps d'aujourd'hui me fait utiliser mon portable...

OG a écrit:Ok, pas de pb. D'ailleurs qui connaît pylab, qui a l'air d'être équivalent aux chargements de Numpy/Scipy/Matplotlib
mais sans faire np.X, etc et qui évite certains conflits ?

Il me semble, oui. Mais ma remarque reste valable.
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